Afdeling for Folkeundersøgelser er organiseret i fire teams (forskerteam, sagsbehandlerteam, tværgående team og sekretærteam). Afdelingen ledes af cheflæge Berit Andersen samt afdelingschef Gitte Jessing. De ansatte i afdelingen har forskellig faglig baggrund; herunder læger og medarbejdere med anden sundhedsfaglig eller samfundsfaglig baggrund samt kontoruddannelse.
Afdeling for Folkeundersøgelser har endvidere tilknyttet medarbejdere i tidsbegrænsede perioder eksempelvis ph.d.-studerende og uddannelseslæger i specialet samfundsmedicin.